Samus geht einen notruf nach der von den weltraumpiraten. nachdem sie den mutterparasiten besiegt hat ist das forschungsschiff auf kolisonskurs auf´tallon IV. nachdem samus auf den planeten gelanden ist stellt sie fest das der planet von einer seuche befallen ist.die Chozo die auf diesen Planeten lebten erzählen von einen Meteoriten der auf Tallon einschlug. Die Choze versiegelten den Metoriten  mit 12 artefakten. Samus muste alle finden um  das " Böse" im meteoriten zu zerstören. Die seuche die  austrat war phazon die die piraten zu forschungszwecken abbauten.samus zerstörte die Mine zum abbau von phazon und besigte den omega pirat. Als samus alle artefakte hatte und zum meteoriten ging grief Ridley an. Nach dem kampf ging samus in den Metoriten und bekämpfte das "Böse" Metroid Prime (später dark samus) nach dem samus metroid Prime besigt hat absorbirte metroid prime den Phazon suit und transformiete sich zu 
Darksamus.